Indicateurs faune

CensusIO calcule les indicateurs faune standards à partir de vos données de relevé : la composition du troupeau à partir des comptages de classification des animaux, un bilan des prélèvements à partir des enregistrements de chasseurs et de prélèvements, la composition par sexe et par âge à partir des animaux individuels, la mortalité par cause à partir des enregistrements d’animaux trouvés morts, l’occupation et l’abondance corrigées de la détection à partir des relevés qui revisitent les mêmes sites, et la survie (succès de nidification et destin connu) corrigée du temps pendant lequel chaque sujet a été observé.

Composition du troupeau (ratios par sexe et par âge)

Un relevé de classification enregistre, pour chaque groupe observé, combien d’animaux étaient des mâles, des femelles et des juvéniles. CensusIO regroupe ces comptages pour chaque espèce et rend compte de :

Mâles pour 100 femelles : le sex-ratio, par exemple cerfs pour 100 biches ou mâles pour 100 femelles.
Juvéniles pour 100 femelles : le ratio de recrutement, par exemple faons pour 100 biches, un indice de productivité pour l’année.
Pourcentage de juvéniles : les jeunes de l’année en proportion de tous les animaux classifiés, une autre lecture du recrutement.

Les ratios regroupent tous les groupes classifiés enregistrés pour l’espèce, donc un plus grand nombre de groupes donne une estimation plus stable. Un ratio est laissé vide lorsqu’aucune femelle n’a été classifiée, car il faudrait sinon diviser par zéro.

Ce dont CensusIO a besoin

Un type de relevé avec un champ espèce et trois champs de comptage qu’il peut lire comme mâles, femelles et juvéniles. Le relevé Aerial Ungulate Survey prédéfini les possède déjà (mâles classifiés, femelles classifiées, juvéniles classifiés). Sur un type de relevé personnalisé, nommez les champs de comptage de manière à ce que les mots soient clairs, par exemple « Males », « Does » et « Fawns » : CensusIO reconnaît buck, bull, doe, cow, fawn et calf aux côtés de male, female et juvenile.

Bilan des prélèvements

Lorsqu’un relevé enregistre l’effort des chasseurs, ou enregistre l’arrivée d’animaux prélevés, CensusIO récapitule la saison :

Effort et succès des chasseurs : à partir d’un relevé par chasseur (jours de chasse et animaux prélevés), le taux de succès (la proportion de chasseurs ayant prélevé au moins un animal), le nombre moyen d’animaux par chasseur, les animaux par jour-chasseur, et la proportion de ceux qui ont vu du gibier.
Prélèvements par espèce, par unité et par méthode : à partir des enregistrements par animal, combien d’animaux ont été prélevés de chaque espèce (avec le poids moyen vidé), de chaque unité de gestion, et par chaque méthode.

Un simple relevé taille-poids de poisson n’est pas confondu avec un enregistrement de prélèvement : un enregistrement de prélèvement est reconnu par un poids vidé, une unité de gestion ou une méthode de prélèvement.

Composition par sexe et par âge

Là où la composition du troupeau lit les comptages de classification de groupe, la composition par sexe et par âge lit les enregistrements individuels, un animal à la fois, à partir des relevés de contrôle des prélèvements et de mortalité (chaque animal a un sexe et une classe d’âge enregistrés). Pour chaque espèce, elle rend compte de :

Le sex-ratio (mâles pour 100 femelles) et le ratio de recrutement (juvéniles pour 100 femelles), construits à partir des animaux individuels. Un faon ou un veau compte comme juvénile quel que soit son sexe, et un animal de sexe inconnu est exclu du sex-ratio.
La distribution par classe d’âge : combien d’animaux relèvent de chaque classe d’âge (par exemple faon, yearling, adulte) et quelle proportion de l’échantillon cela représente.

Parce qu’elle regroupe les animaux prélevés et morts, c’est un échantillon différent d’un relevé de classification d’animaux vivants, donc lisez les deux ensemble plutôt que d’attendre qu’ils concordent.

Mortalité par cause

Un relevé de mortalité documente les animaux trouvés morts. CensusIO les récapitule :

Cause de décès : combien d’animaux sont morts de chaque cause (prédation, collision avec un véhicule, maladie, mortalité hivernale, et ainsi de suite) et quelle proportion du total cela représente.
Cause par espèce : la même répartition ventilée par espèce, de sorte que vous puissiez voir de quoi meurt chaque espèce.
État des carcasses : la fraîcheur des carcasses (fraîche, modérée, ancienne, charognée), un repère approximatif du temps écoulé depuis le décès.

Occupation et abondance, corrigées de la détection

Un relevé ne voit jamais tous les animaux. Une espèce peut se trouver sur un site que vous avez visité sans être détectée, et un comptage est presque toujours inférieur au nombre réel présent. Ainsi la simple proportion de sites où une espèce est apparue (occupation naïve) et les simples comptages sont tous deux sous-estimés. Lorsque les mêmes sites sont visités plus d’une fois, ces visites répétées permettent à CensusIO de distinguer deux choses et de corriger l’écart :

Occupation (corrigée de la détection), à partir de la détection / non-détection au fil des visites répétées (MacKenzie et al. 2002). Elle estime l’occupation (psi), la proportion de sites que l’espèce occupe réellement, et la détection (p), la chance de la détecter lors d’une seule visite où elle est présente. L’occupation naïve est corrigée à la hausse en fonction de la fréquence à laquelle les visites manquent une espèce qui est présente.
Abondance (corrigée de la détection), à partir de comptages répétés (le modèle N-mixture de Royle 2004). Elle estime l’abondance par site (le nombre moyen d’animaux sur un site), le total sur l’ensemble des sites relevés, et la détection (p) par visite. L’indice naïf (la moyenne du comptage le plus élevé sur chaque site) est relevé pour tenir compte des animaux manqués à chaque visite.

Les deux rendent compte d’une estimation distincte pour chaque espèce que le relevé en enregistre une.

Ce dont CensusIO a besoin

Un type de relevé avec trois éléments :

un champ site (une station, une parcelle, un transect, un point ou une caméra) qui nomme le lieu revisité,
une occasion qui distingue les visites répétées (un numéro de visite, de passage ou de tour, ou à défaut la date de visite), et
un indicateur de présence (pour l’occupation) ou un comptage (pour l’occupation ou l’abondance) enregistré à chaque visite.

Il doit y avoir au moins deux sites, et au moins un site visité plus d’une fois.

Au fil des saisons (colonisation et extinction)

Lorsque les mêmes sites sont relevés sur plusieurs saisons (années, saisons de reproduction), chacune avec ses propres visites répétées, le rapport d’occupation multi-saisons estime comment l’occupation change (MacKenzie et al. 2003) :

Colonisation : la chance qu’un site vide devienne occupé à la saison suivante.
Extinction : la chance qu’un site occupé devienne vide à la saison suivante.
ainsi que l’occupation initiale et la détection par visite, et l’occupation impliquée à chaque saison.

Il a besoin des mêmes champs que l’occupation à saison unique, plus un champ saison (un numéro d’année ou de saison) qui distingue les saisons des visites au sein d’une saison, avec au moins deux saisons et deux sites.

Survie

Le fait qu’un nid ou un animal survive est, comme la détection, biaisé par le temps pendant lequel il a été observé. CensusIO propose deux corrections standards :

Succès de nidification (Mayfield) : à partir de l’exposition de chaque nid (les jours-nid pendant lesquels il a été observé) et de son destin, le taux de survie quotidien divise les échecs par le total des jours-nid, puis l’élève à la longueur de la période de nidification pour obtenir la survie sur la période entière. Cela corrige le taux de succès apparent (nids réussis sur l’ensemble des nids), qui surestime car les nids trouvés tardivement avaient déjà survécu à leurs jours les plus risqués. Enregistrez un champ jours-nid et un destin (un résultat tel qu’envolé ou prédaté, ou un indicateur « réussi ») ; un champ période de nidification ajoute la survie sur la période.
Survie à destin connu (Kaplan-Meier) : à partir de comptages par intervalle du nombre d’animaux suivis (par exemple munis d’un émetteur radio) à risque et du nombre de morts, la survie cumulée est le produit de la survie de chaque intervalle, avec une erreur type de Greenwood. Enregistrez le nombre à risque et le nombre de morts par intervalle, avec un champ intervalle ou date pour les ordonner.