Métricas de fauna silvestre

CensusIO calcula las métricas estándar de fauna silvestre a partir de sus datos de muestreo: composición de la manada a partir de los conteos de clasificación de animales, un resumen de cosecha a partir de los registros de cazadores y cosecha, composición por sexo y edad a partir de animales individuales, mortalidad por causa a partir de los registros de animales hallados muertos, ocupación y abundancia corregidas por detección a partir de muestreos que vuelven a visitar los mismos sitios, y supervivencia (éxito de nidos y destino conocido) corregida por cuánto tiempo se observó a cada sujeto.

Composición de la manada (proporciones por sexo y edad)

Un muestreo de clasificación registra, para cada grupo avistado, cuántos animales eran machos, hembras y juveniles. CensusIO agrupa esos conteos para cada especie e informa:

Machos por cada 100 hembras: la proporción de sexos, por ejemplo machos por cada 100 hembras de ciervo o toros por cada 100 vacas.
Juveniles por cada 100 hembras: la proporción de reclutamiento, por ejemplo crías por cada 100 hembras, un índice de productividad del año.
Porcentaje de juveniles: las crías del año como proporción de todos los animales clasificados, otra lectura del reclutamiento.

Las proporciones agrupan cada grupo clasificado registrado para la especie, así que más grupos dan una estimación más estable. Una proporción se deja en blanco cuando no se clasificó ninguna hembra, ya que de lo contrario se dividiría por cero.

Lo que CensusIO necesita

Un tipo de muestreo con un campo de especie y tres campos de conteo que pueda leer como machos, hembras y juveniles. El Muestreo Aéreo de Ungulados precargado ya los tiene (machos clasificados, hembras clasificadas, juveniles clasificados). En un tipo de muestreo personalizado, nombre los campos de conteo de modo que las palabras sean claras, por ejemplo “Machos”, “Hembras” y “Crías”: CensusIO reconoce términos como ciervo macho, toro, hembra de ciervo, vaca, cría y ternero junto con macho, hembra y juvenil.

Resumen de cosecha

Cuando un muestreo registra el esfuerzo del cazador, o registra animales cosechados, CensusIO resume la temporada:

Esfuerzo y éxito del cazador: a partir de un muestreo por cazador (días cazados y animales cosechados), la tasa de éxito (la proporción de cazadores que extrajeron al menos un animal), el promedio de animales por cazador, animales por día-cazador, y la proporción que avistó caza.
Cosecha por especie, unidad y método: a partir de los registros de revisión por animal, cuántos animales se extrajeron de cada especie (con el peso medio eviscerado en campo), de cada unidad de manejo, y por cada método.

Un muestreo común de talla-peso de peces no se confunde con un registro de cosecha: un registro de cosecha se reconoce por un peso eviscerado, una unidad de manejo, o un método de cosecha.

Composición por sexo y edad

Mientras que la composición de la manada lee conteos de clasificación de grupos, la composición por sexo y edad lee registros individuales, un animal a la vez, a partir de muestreos de revisión de cosecha y mortalidad (cada animal tiene un sexo y una clase de edad registrados). Para cada especie informa:

La proporción de sexos (machos por cada 100 hembras) y la proporción de reclutamiento (juveniles por cada 100 hembras), construidas a partir de los animales individuales. Una cría o ternero cuenta como juvenil sea cual sea su sexo, y un animal de sexo desconocido se excluye de la proporción de sexos.
La distribución por clase de edad: cuántos animales cayeron en cada clase de edad (por ejemplo cría, añojo, adulto) y qué proporción de la muestra representa eso.

Como agrupa animales cosechados y muertos, esta es una muestra distinta a la de un muestreo de clasificación de animales vivos, así que lea ambas en conjunto en lugar de esperar que coincidan.

Mortalidad por causa

Un muestreo de mortalidad documenta animales hallados muertos. CensusIO los resume:

Causa de muerte: cuántos animales murieron por cada causa (depredación, colisión vehicular, enfermedad, mortalidad invernal, etc.) y qué proporción del total representa eso.
Causa por especie: el mismo desglose dividido por especie, para que pueda ver de qué muere cada especie.
Condición de la carcasa: la frescura de las carcasas (fresca, moderada, vieja, carroñeada), una guía aproximada del tiempo transcurrido desde la muerte.

Ocupación y abundancia, corregidas por detección

Un muestreo nunca ve a todos los animales. Una especie puede estar en un sitio que usted visitó y pasar sin ser detectada, y un conteo casi siempre es menor que el número real presente. Por eso, tanto la proporción simple de sitios donde apareció una especie (ocupación ingenua) como los conteos simples quedan por debajo. Cuando los mismos sitios se visitan más de una vez, esas visitas repetidas permiten que CensusIO separe dos cosas y corrija la brecha:

Ocupación (corregida por detección), a partir de detección / no detección a lo largo de las visitas repetidas (MacKenzie et al. 2002). Estima la ocupación (psi), la proporción de sitios que la especie realmente ocupa, y la detección (p), la probabilidad de detectarla en una sola visita donde está presente. La ocupación ingenua se corrige al alza según la frecuencia con que las visitas pasan por alto una especie que está allí.
Abundancia (corregida por detección), a partir de conteos repetidos (el modelo de mezcla N de Royle 2004). Estima la abundancia por sitio (el número medio de animales en un sitio), el total a través de los sitios muestreados, y la detección (p) por visita. El índice ingenuo (el promedio del conteo más alto en cada sitio) se eleva para tener en cuenta los animales que cada visita pasó por alto.

Ambos informan una estimación separada para cada especie donde el muestreo registre alguna.

Lo que CensusIO necesita

Un tipo de muestreo con tres cosas:

un campo de sitio (una estación, parcela, transecto, punto o cámara) que nombre el lugar revisitado,
una ocasión que distinga las visitas repetidas entre sí (un número de visita, pasada o ronda, o en su defecto la fecha de la visita), y
un indicador de presencia (para ocupación) o un conteo (para ocupación o abundancia) registrado en cada visita.

Debe haber al menos dos sitios, y al menos un sitio visitado más de una vez.

A través de temporadas (colonización y extinción)

Cuando los mismos sitios se muestrean a lo largo de varias temporadas (años, temporadas de reproducción), cada una con sus propias visitas repetidas, el informe de ocupación multitemporada estima cómo cambia la ocupación (MacKenzie et al. 2003):

Colonización: la probabilidad de que un sitio vacío pase a estar ocupado para la siguiente temporada.
Extinción: la probabilidad de que un sitio ocupado quede vacío para la siguiente temporada.
además de la ocupación inicial y la detección por visita, y la ocupación implícita en cada temporada.

Necesita los mismos campos que la ocupación de una sola temporada más un campo de temporada (un año o número de temporada) que distinga las temporadas de las visitas dentro de la temporada, con al menos dos temporadas y dos sitios.

Supervivencia

Que un nido o un animal sobreviva está, al igual que la detección, sesgado por cuánto tiempo se le observó. CensusIO tiene dos correcciones estándar:

Éxito de nidos (Mayfield): a partir de la exposición de cada nido (los días-nido que estuvo bajo observación) y su destino, la tasa de supervivencia diaria divide los fracasos por el total de días-nido, luego eleva eso a la duración del periodo de nidificación para obtener la supervivencia de todo el periodo. Esto corrige la tasa de éxito aparente (nidos exitosos sobre el total de nidos), que sobrestima porque los nidos hallados tarde ya habían sobrevivido a sus días de mayor riesgo. Registre un campo de días-nido y un destino (un resultado como emplumado o depredado, o un indicador de “exitoso”); un campo de periodo de nidificación añade la supervivencia del periodo.
Supervivencia de destino conocido (Kaplan-Meier): a partir de conteos por intervalo de cuántos animales rastreados (por ejemplo, con radiomarcaje) estaban en riesgo y cuántos murieron, la supervivencia acumulada es el producto de la supervivencia de cada intervalo, con un error estándar de Greenwood. Registre el número en riesgo y el número de muertes por intervalo, con un campo de intervalo o fecha para ordenarlos.